Sebelum menghembuskan nafas terakhirnya, Syekh Ali sempat terpapar COVID-19 dan menjalani perawatan di rumah sakit. Namun, sebelum meninggal dunia, kondisi Syekh Ali kembali pulih dan telah dinyatakan negatif COVID-19.

Sekadar informasi, Syekh Ali Jaber telah dimakamkan di Pesantren Tahfidz Da'arul Quran, Cipondoh, Kota Tangerang, Banten, Kamis (14/1/2021) sekitar pukul 17.00 WIB.